BLEACH: The 3rd Phantom gozará de un nuevo argumento ya que se ha creado en exclusiva para el título bajo la supervisión de Tite Kubo, el autor y creador de BLEACH. La historia dará a luz los acontecimientos anteriores a los eventos que se desarrollan en la serie de anime, centrándose en los gemelos Soul Reaper, Fujimaru Kudo y su hermana Matsuri Kudo. A raíz que vayan avanzando por la historia, los fans se encontrarán con caras conocidas como Ichigo Kurosaki y Rukia Kuchiki entre otros más nuevos personajes que se crearon especialmente para esta entrega.