Pequeños Invasores para DS pone a los jugadores en los zapatos de los personajes principales: Tom, Hannah y su primo Jake, con el que deben hacer equipo y evitar que los aliens les atrapen. Los jugadores usarán sus habilidades; Hanna tiene la habilidad de realizar grandes saltos, Tom tiene conocimientos de ingeniería y Jake es quien maneja mejor las armas. Con todo ello tratarán de expulsar a los desagradables invasores. Esta versión del juego dispone de múltiples niveles y un cuidadísimo diseño de escenarios y jugabilidad. La versión de DS contiene numerosos jefes finales y toneladas de puzzles. Los jugadores podrán escoger entre tres personajes distintos, cada uno con habilidades especiales y una gran variedad de armas; desde granadas hasta pistolas personalizables.