Valkyria Chronicles II se desarrolla dos años después de la anterior entrega. Un grupo de jóvenes guerreros de la Academia Militar Gallian se encuentran en medio de una Guerra civil justo en el momento en que el Ejército Revolucionario Gallian realiza un golpe de estado. La historia se desenvuelve en un drama épico en el que los jugadores sentirán lazos de amistad, historias de amor y la dura realidad en momentos de guerra y discordia.