El juego invita a los jugadores a encarnarse en Ezio, un joven noble en el periodo del Renacimiento Italiano, que ha sido traicionado por las familias más poderosas de Italia. La posterior búsqueda de venganza de Ezio hará que los jugadores se sumerjan en una cautivadora historia que ofrece una gran variedad de misiones, presentará nuevos elementos de jugabilidad, diversas armas y un profundo personaje en constante progresión, que atraerá tanto a los seguidores del primer Assassin’s Creed como a nuevos jugadores.
Assassin’s Creed II: Discovery permite a los jugadores vivir un capítulo inédito de la trama del Assassin´s Creed para consola aprovechando las ventajas que ofrece la plataforma Nintendo DS. En esta nueva aventura, Ezio viaja a España para rescatar a un compañero “assassin” que ha sido aprisionado con el pretexto de la inquisición – destapando a su vez una conspiración Templar para cruzar el charco y descubrir el Nuevo Mundo.