La historia arranca con la desaparición de Clank, el adorable autómata que acompaña a Ratchet en todas sus aventuras. Inmediatamente Ratchet se lanzará a una frenética búsqueda a través del tejido espacio-temporal, donde el pasado, el presente y el futuro se pierden en un delirante caos sideral. En el camino ambos se toparán con el misterio de su origen, y tendrán que enfrentarse a una duda existencial: ¿están unidos los destinos de Ratchet y Clank para siempre o deberán separarse por su propio bien?