Año 2047, la GDI, una alianza de las naciones más avanzadas del planeta, intenta contener la expansión de una peligrosa sustancia radioactiva denominada Tiberium. El Tiberium actúa como un cáncer ecológico, transformando toda la materia que contamina en más Tiberium. En otra parte del planeta, una sociedad secreta conocida como The Brotherhood of Nod, dirigida por el megalómano Kane, planea usar el Tiberium para transformar y controlar a la humanidad.