The Legend of Zelda: Phantom Hourglass retoma la historia donde la dejó The Legend of Zelda: Wind Waker. El reino de Hyrule ha desaparecido bajo las aguas de un diluvio universal. El joven Link, que dejó su aldea de pescadores para enfrentarse al malvado Ganon y rescatar a la reina pirara Tetra (que no es otra que la Princesa Zelda del reino caído de Hyrule), ahora navega en busca de nuevas tierras.