El juego se ambienta en 1191 a.C., cuando la Tercera Cruzada llevaba acabo sus campañas en Tierra Santa. Los Asesinos son personajes misteriosos, envueltos en un halo de secretismo, y las gentes temen por su carácter despiadado. Ellos serán los que intenten detener las hostilidades eliminando a ambas partes del conflicto. Los jugadores, utilizando al personaje protagonista, Altair, tendrán el poder de causar el caos allá por dónde vayan y cambiar el curso de los acontecimientos.