La aventura comienza en el Templo del Viento, donde el Rey de Tycoon ha acudido a comprobar una irregularidad en el viento. Al llegar, observa atónito cómo el cristal mágico del viento se rompe. El viento es, junto al agua, el fuego y la tierra, uno de los cuatro elementos vitales para el mundo Final Fantasy, por lo que la destrucción del cristal del viento no es un buen presagio. A partir de aquí, el jugador debe guiar a Bartz y a sus cuatro acompañantes –su mascota chocobo Boco, la princesa Lenna, Galuf y el Capitán Pirata Faris— en su viaje por un mundo fantástico cuyo objetivo será evitar que un malvado mago destruya todos los cristales que controlan los elementos del mundo. Por el camino, deberán visitar ciudades para hablar con otros personajes y tratar de desvelar el misterio de los cristales, y enfrentarse a todo tipo de peligros y monstruos. En sus luchas, el jugador ganará puntos de experiencia, gracias a los cuales sus personajes subirán de nivel, ganando aún más fuerza. Además, sus victorias le servirán para conseguir nuevas armas y armaduras que mejorarán su eficacia en la batalla.